Działalność centrum ma rozbudzać zamiłowanie do nauki, pomagać zrozumieć świat, budować postawę kreatywności, otwartości i nawyk samodzielnego myślenia. Cogiteon chce być przewodnikiem po świecie, chce „włączać myślenie o…” i łączyć naukę ze sztuką. Tematyką wystawy stałej centrum jest człowiek w sieci relacji. a sama nazwa odwołuje się do łacińskiego słowa „Cogito” – „myślę” i greckiego odeonu – miejsca dla muzyki i teatru.